Calculadora del peso molecular de proteínas

Preguntas frecuentes

¿Cómo se calcula el peso molecular de una proteína a partir de la secuencia?

Cada residuo de aminoácido tiene una masa promedio conocida en daltones. El peso molecular de la proteína es igual a la suma de todas las masas de los residuos más 18.015 Da por la molécula de agua terminal (H en el extremo N-terminal y OH en el C-terminal).

¿Cuál es la diferencia entre masa promedio y masa monoisotópica?

La masa promedio usa la abundancia isotópica natural de cada elemento y se utiliza para la mayoría del trabajo de laboratorio, como la estimación en geles y la purificación de proteínas. La masa monoisotópica usa solo el isótopo más ligero de cada elemento y se utiliza en espectrometría de masas para la identificación de alta resolución.

¿Qué tan precisa es esta estimación comparada con la proteína real?

El cálculo basado en la secuencia da la masa sin modificar. Las modificaciones postraduccionales (glicosilación, fosforilación, puentes disulfuro) y el corte del péptido señal cambian la masa real. Los péptidos señal suman masa in silico, pero se eliminan in vivo.

¿Esto también da el punto isoeléctrico o el coeficiente de extinción?

No, esta herramienta reporta solo el peso molecular. Para el punto isoeléctrico teórico de un aminoácido o una cadena corta, usa nuestra <a href="/es/science/isoelectric-point">calculadora de punto isoeléctrico (pI)</a>. El coeficiente de extinción molar (estimado a partir del contenido de Trp, Tyr y Cys) y el pI de una proteína completa los proporciona la herramienta Expasy ProtParam, la referencia estándar para estas propiedades derivadas de la secuencia.

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Estimaciones solo con fines informativos.

Aviso importante: Estimaciones solo con fines informativos.

Esta calculadora ofrece estimaciones con fines informativos. Los resultados se basan en supuestos y pueden no reflejar resultados reales. Consulta a profesionales calificados en las áreas correspondientes antes de tomar decisiones importantes basadas en estos resultados.

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Cómo funciona esta calculadora

Esta calculadora estima el peso molecular de una proteína a partir de su secuencia primaria usando las masas isotópicas promedio de cada uno de los 20 residuos de aminoácidos estándar. La masa de un residuo es la masa del aminoácido después de perder una molécula de agua durante la formación del enlace peptídico. La calculadora suma esas masas de residuos y vuelve a agregar 18.015 Da por la única molécula de agua que queda en el extremo N-terminal y C-terminal libres del polipéptido intacto.

Pega o escribe tu secuencia usando los códigos estándar de una letra de la IUPAC. Los espacios y los saltos de línea se eliminan automáticamente. La secuencia solo puede contener los 20 aminoácidos canónicos (A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y).

Fórmula

Peso molecular = suma de (conteo de cada residuo x masa promedio del residuo) + 18.015 Da

El término de 18.015 Da corresponde al H del extremo N-terminal y al OH del extremo C-terminal, que juntos forman una molécula de agua que no se pierde durante la síntesis. Esos 18.015 Da son exactamente la masa promedio de una molécula de H2O (2 x 1.008 de los hidrógenos + 15.999 del oxígeno).

Masa promedio vs. masa monoisotópica

Hay dos convenciones para reportar las masas de aminoácidos. Las masas promedio usan las abundancias isotópicas naturales de cada elemento: por ejemplo, el carbono es alrededor de 98.9% carbono-12 y 1.1% carbono-13, así que el carbono promedio tiene una masa de 12.011 Da en lugar de exactamente 12. Estos son los valores que se usan aquí y coinciden con la lectura de masa que obtienes de la mayoría de las bandas de geles de proteínas calibrados con escaleras estándar.

Las masas monoisotópicas cuentan solo el isótopo más ligero de cada elemento (carbono-12, hidrógeno-1, nitrógeno-14, oxígeno-16, azufre-32). Se usan en espectrometría de masas, donde el instrumento resuelve los picos individuales de cada isótopo. Para proteínas mayores de unos 2,000 Da, la envolvente isotópica se vuelve ancha y el pico monoisotópico ya no es el más alto, así que las masas promedio son más prácticas para la estimación rutinaria del peso molecular.

Errores comunes

Usar códigos de tres letras (Met, Ala...) en lugar de códigos de una letra - la calculadora solo espera códigos de una letra.

Incluir residuos no estándar como la selenocisteína (U), la pirrolisina (O) o los códigos de ambigüedad (B, Z, X) - elimínalos o sustitúyelos antes de calcular.

Olvidar que el peso molecular calculado es para la cadena sin modificar y desplegada. Las modificaciones postraduccionales (glicosilación, fosforilación, puentes disulfuro) cambian la masa real.

Confundir Da y kDa - una proteína de 50,000 Da son 50 kDa, un tamaño de referencia común en las escaleras de geles.

Consejos y preguntas frecuentes

¿Y si mi proteína tiene puentes disulfuro? Cada puente disulfuro quita 2.016 Da (dos hidrógenos). Resta 2.016 Da por cada puente del resultado.

¿Qué tan precisa es esta estimación? Dentro del 0.01% del verdadero peso molecular promedio de una proteína sin modificar. En la práctica, la principal fuente de error es una secuencia incorrecta o incompleta.

¿Puedo calcular el peso molecular de un fragmento? Sí - pega solo los residuos de ese fragmento. La fórmula se aplica a cualquier péptido, sin importar su longitud.

¿Por qué importa el peso molecular en el laboratorio? Determina la posición esperada en un gel SDS-PAGE, el tiempo de retención en la cromatografía de exclusión por tamaño y la estequiometría de los ensayos de unión proteína-ligando.

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